OVIGEMA fue creado por iniciativa de la Policía Nacional, la Universidad San Gregorio de Portoviejo y la Gobernación de Manabí. El 12 de octubre de 2020, las tres instituciones firmaron el Acta Constitutiva. Los equipos operativos son: el equipo de investigadoras/es de la Universidad San Gregorio de Portoviejo y el equipo técnico de la Policía Nacional en Manabí. Para desarrollar las actividades, OVIGEMA colabora de manera permanente con las instituciones públicas que hacen parte del sistema de protección y la sociedad civil organizada en temas de género, en la provincia de Manabí. OVIGEMA cuenta con el apoyo de la Red Latinoamericana de Estudios de Género (RELEG).